affy包为Bioconductor之中一个用于数据预处理的包.

先解释一些为什么这个包叫做这个名字，这是因为affy其实是一个生产基因芯片的公司，

这个公司做的芯片所产生的数据肯定不是拿过来就能用的，不同的实验组，不同的PM和MM都是需要处理的。

所以他们官方出了一个工具包叫做affy，专门用来处理原始的实验数据。

基因芯片的原始数据是一个.cel文件，当然在我们的estrogen包里自带了一小部分.cel数据，可以用来学习。

1. #首先我们先进行library的导入，我们用到了如下的几个包
2. library(affy)
3. library(estrogen)
4. #这些包都是Bioconductor的包，如果不会下载可以上Bioconductor看一下其实也是很简单的

之后先进行简单的数据读取和处理。在这里我需要说明一下，我们国内有一本叫做《R语言和Bioconducter》的书，
 

这本书有一些内容是比较老的，我不知道大家看的是什么版本的，因为我拿到的版本可以说很多年前的了，所以很多函数已经不一样了。

1. datadir = system.file("extdata",package = "estrogen")
2. setwd(datadir)
3. #这两句话是设定工作路径，其实不设定也可以，但是等下需要多传入参数，这个工作路径的意思是在estrogen包里找到一个叫做extdata的文件夹
4. #这个文件夹里面有一些.cel数据，可以方便我们读取
5. afbatch = ReadAffy()
6. #使用这一句话就能自动读取整个工作路径下所有.cel，或者ReadAffy(widget=TRUE)进行可视化操作和选择
7. #如果没有设置对的工作路径，可以再这个函数里传入path=“xxx” xxx就是路径

到这里我们便完成了数据的读取。

数据的处理其实直接调用一个expresso函数直接完成了，但我需要提前说明一下。

expresso函数和ReadAffy一样可以传入widget=TRUE进行可视化选择数据处理的方式。

！！但是，我发现这个可视化界面根本不能下拉选择函数，我去看了源码，发现根本就没有在可视化界面里传入供选择的函数。

当然不排除是我装的有问题，但是大家如果遇到这样的问题不要慌张，我们还是有办法自己找哪些函数可以供我们选择的。

我有点想分开写了，这一篇东西会有点多。。。

直接上干货！先列出一个可供选择的参数列表吧

先上expresso参数列表

接下来是每种method可供选择的函数

到这里，先告一段落，至少在使用的时候不会出现参数不知道传什么的问题了，现在用是肯定会用了。

例如

1. x = expresso(pd, bg.correct = FALSE,
2.              normalize.method = "constant",
3.              pmcorrect.method = "pmonly",
4.              summary.method = "medianpolish")

之后再介绍关于每一种函数到底在做什么吧。