华大的单细胞数据分析网上有一些资料,但是资料非常的混乱,而且官方竟然没有一篇比较靠谱的文章去说明这些问题。
简单的说,就是华大的C4或者说DNBelab C系列单细胞数据分析不能用10X那套工具,需要使用dnbc4tools这个工具。但是直接去搜索这个工具会发现找到的很多都是广告或者链接根本就不能下载。甚至于连华大自己官网上面介绍的都是错的链接。
这个工具介绍官方放在github上面https://github.com/MGI-tech-bioinformatics/DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software
进去后,有一个doc文件夹,里面有下载的地址,注意这个地址是会更新的,所以网上目前所有的地址都是没法下载的,必须去这个仓库看官方更新的地址。
下载后有一个quickstart的文档可以看看是怎么运行的,其实还是比较简单的。
所以我就说一个点,输入如果有多个文件比如说cDNA我的测出来有2对数据,oligo也同样有2对数据。
那么输入就是--cDNAfastq1 fq1_1.gz,fq2_1.gz --cDNAfastq2 fq1_2.gz,fq2_2.gz oligo同理 并且要保证顺序一致。
说白了就是多个lane的数据用逗号分隔开来就可以。
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